海淀区精神卫生防治院前身为海淀区精神卫生保健所，于1988年成立，1991年与青龙桥医院合并，1998年通过二级精神病专科医院评审。海淀区精神卫生防治院于2008年5月8日由海淀区青龙桥地区迁至海淀区苏家坨地区，2008年7月与青龙桥医院剥离。

北京市海淀区精神卫生防治院是海淀区唯一一所政府领导下的精神卫生二级专科医院，是北京市医保定点医院。同时医院还承担海淀区区属及驻区医疗机构精防开云电子平台的业务培训、指导，社区精神病人管理、防治、康复、免费服药等工作，是海淀区社区精防开云电子平台教学基地、区残联指定精神残疾鉴定医院。

医院于2008年迁入新址后，由原来的一个精神科病区扩大为四个精神科病区，并设立独立的精神康复科。精神科床位由原来的70张增长为260张，建筑面积12000平方米，职工160余人。近年来医院发展迅速，并得到上级卫生机构的大力支持与肯定，与北大六院、意大利爱心服务协会等多方合作。在促进医院建设的同时，探索开放病房，促进康复方面开展了多种新项目。