病毒性脑炎造成的 后遗症主要为急性期脑实质损伤造成的局灶性脑损害表现。
患者容易出现的后遗症情况，包括言语困难，肢体无力，眼球麻痹， 共济失调。全身震颤，舞蹈样动作等。急性期出现的意识障碍如果症状较轻，在恢复期及后遗症期可能仅仅表现为意识模糊和间断谵妄症状。
一些病毒性脑炎因为损伤到大脑颞叶及额叶部分的患者约三分之一会出现癫痫发作的后遗症，可表现为全身性或部分性癫痫发作，局限性癫痫后遗症的情况也比较常见，而且容易继发全身性发作。
如果病毒性脑炎在急性期引起的脑实质损伤较为严重，那样后遗症问题相对就更加严重一些，甚至可能有颅内压增高，精神症状等明显的后遗症情况而表现为血压反复波动，缄默，木僵，生活不能自理的情况。