临床上治疗灰指甲，首先要通过镜检、培养的方式确定致病菌。
病情较轻可以局部治疗，使用外用药涂抹在患处，比较常用的有复方聚维酮碘搽剂；病情较严重，可以把已经增厚破损的甲用温水泡软，再用修甲刀修掉病甲，然后每日用复方聚维酮碘搽剂涂抹在患处，同时配合服用特比萘芬、伊曲康唑等一些抗真菌的内用药。
在治疗过程中和治疗后，要注意避免接触一些 真菌感染源，避免指甲受伤，不要与其他人共用拖鞋、浴巾等生活用品，以免交叉 感染导致灰指甲复发。