在脓肿越早期发作， 手术往往创口小、手术快，也就是手术时间短。
表浅的脓肿麻醉完全的情况下，很快就能解决，单纯的切开引流，往往几分钟就能完成。如果是一次性切开手术，需要处理内口，处理开放创口引流通畅，手术10分钟至30分钟不等。比较严重的脓肿，如半马蹄形脓肿、全马蹄形脓肿、 直肠后深间隙，或两侧坐骨直肠窝的脓肿，手术就比较复杂，手术的时间三十几分钟，甚至四五十分钟，比较难治、复杂的甚至超过1个小时。
所以 肛周脓肿手术的效果注重的是手术质量，不是手术快慢，手术很快完成有可能十几分钟，如果复杂一点可能做几十分钟，甚至1个小时。以手术质量评定一个手术的效果，不以时间作为标准。