药学部成立于建院之初的1915年，是医院重要的医技科室。它集药品调剂供应保障、临床药学服务、药学科研教学、药事管理为一体的综合性科室。现有正式编制职工100人，派遣制职工59人，其中高级职称以上人员10人，主管药师65人，其中博士研究生2人，硕士研究生学历25人，全科设置8个行政组，科室核心组成员为科室主任崔一民、副主任孙培红、副主任周颖、副主任兼党支部书记刘立新。

近年来，药学部以药品供应保障、现代化物流管理为基础、以临床药学服务为中心、以药学科研为方向，完成了从从药品供应保障向临床合理用药管理的转型。医院药品物流实现了全程电子化闭环管理;临床药学工作已在8个临床专业(抗凝药物、小儿用药、肿瘤药物、肾内科、移植、内分泌、妇产科)配备28名专职临床药师，床位数与临床药师配比已达到100:1.87。已建成合理用药全面质控、慢病管理个体化服务、临床药学实践和临床药理研究紧密结合的临床药学服务体系，2013年获国家临床药学重点专科建设单位;科研方面，北大医院药学部临床药理研究室成立于1990年，经过近30年的发展，不断改善研究条件，加强研究能力，研究水平得以快速提高，目前参与了多项国家863课题和科技部“十一五”“十二五”重大新药创制项目。近5年发表与药物临床试验相关SCI论文10余篇，在国内外核心期刊发表论文100余篇，为我国新药的研究、开发及应用提供了科学依据;教学方面，作为北京大学药学院药事管理和临床药学系的重要组成部分和主要教学基地，从2013年10月开始，搭建三级甲等医院对口支援县级医院临床药学建设平台，依托国家级继续教育项目《县级医院药师服务技能提升培训班》在山西省武乡县、临汾市、安徽省阜阳市临泉县、江西省赣州市兴国县，北京市密云县，通过面授、派出指导药师去县级医院、县级医院药师到三甲医院进修三个阶段，全面培训县级医院药师，以期为全国探索县级医院药师快速成才之路。2015年6月7日，在以往工作基础上，作为项目的发起单位之一，参与由北京大学医学部牵头举办、辉瑞中国支持的“推进县市级公立医院药事综合改革人才培养项目”。致力于推动药事综合改革及建设，就县级医院所需的、尤其是药事服务领域的临床能力建设和人才培训、医疗质量、医疗安全与日常管理能力等方面展开合作，加快培养县级公立医院药学学科带头人，推动临床药师队伍建设。

从2015年至今，药学部多名临床药师与临床医师、护士和技师一起组成国家医疗队，按照《国家卫生计生委办公厅关于开展国家医疗队和援疆医疗队巡回医疗工作的通知》文件要求，赴扎赉特旗人民医院、乌兰浩特市人民医院、内蒙古兴安盟人民医院、内蒙古林业总医院、内蒙古包头医学院第一附属医院、内蒙古北方重工业集团有限公司医院、内蒙古固阳县医院、内蒙古土默特右旗医院、进行巡回医疗工作，这是我院临床药师首次参加国家医疗队执行对口支援任务。

2016年和2017年，北京大学第一医院分别和北京市密云县人民政府、安徽省临泉县人民政府签订《对口帮扶合作协议》，药学部承担合作任务如下协助建设临床试验机构，合作开展多中心临床试验;提高医院药学管理水平，争创三级甲等医院;提升临床药师服务能力，争创药学特色专科。

国际方面，药学部代表中国参加“基于日中韩三国卫生部长声明而开展的药物种族差异国际合作临床研究”药物临床试验机构作为中国的四家医院之一参加“海峡两岸药物临床试验机构共同认定”。外派临床药师到美国培训：自2014年以来,受卫计委临床药学重点专科建设项目资助，药学部陆续派出13名临床药师赴美对明尼苏达大学药学院、密歇根大学药学院和匹兹堡大学药学院及附属医院进行考察访问,以此为借鉴探讨中国医院药学在医疗、教学和科研的发展方向和工作目标。接收国际临床药师来院学习：2015年至今，为进一步探索美国临床药师人才培养体系建设，药学部接受美国匹兹堡大学、美国麻省3名临床药学学生进行为期3周的学习培训，双方就药学教育、研究领域、发展前景、两国卫生服务现状等进行了广泛的交流。2017年3月-5月接受尼日利亚的中国药科大学国际学生EBUOChiamakaEmmanuella进行医院药学实习指导。开展了大量的临床药学人才培养、对外交流活动、基层医院药事管理和临床药学能力提升项目，为我国医院药学事业的繁荣和发展做出了突出的贡献!