北京大学应用碎石研究所源于医院泌尿外科，成立于1988年。上世纪八十年代，在孟广栋教授领导下，由何申戌教授主持研制出了我国第一台体外冲击波碎石机（E-8410型），于1986年通过卫生部鉴定并应用于临床，同年获卫生部科技成果甲级奖及北京市科技成果一等奖。1987年获得国家科学技术进步一等奖。为促进碎石技术的提高和推广应用，成立了“北京医科大学临床碎石研究所”，孟广栋教授任所长，何申戌教授任副所长。2000年北京医科大学与北京大学合并，研究所更名为现在的北京大学应用碎石研究所。历经三十年，在孟广栋、何申戌和黄晓波三位所长的不懈努力下，已经发展成为医疗、教学、科研、设备研发相结合的综合学科。目前有员工33人，开云电子平台17人（主任医师8人，副主任医师3人，主治医4人，住院医2人，其中博士生导师1人，硕士生导师2人）；护士16人（主管护师2人，护师9人，护士5人），床位数35张。十几年来手术量逐年增加，2018年完成手术1649台，平均住院天数6.4天。泌尿与碎石中心的成立标志着学科向着泌尿外科领域全面发展的方向。除了完成泌尿结石的微创治疗外，也覆盖泌尿外科领域的腹腔镜微创技术，尤其是在泌尿系结石的微创治疗方面尤为突出，在复杂疑难上尿路结石，如孤立肾结石、马蹄肾结石、移植肾结石、婴幼儿结石、以及合并严重感染的结石等特殊病例的治疗居国内和国际先进水平。
特色诊疗1、经皮肾镜手术技术：2005年在国内率先开展了标准通道经皮肾镜碎石取石手术技术，近三年又率先开展微通道微超声经皮肾镜碎石取石手术技术，是世界首创的新技术。
2、婴幼儿结石的微创手术技术：2008年“奶粉事件”后，该科承接了卫生部交给的任务，为近150例婴幼儿泌尿系结石进行了微创治疗，并逐步熟练掌握了婴幼儿结石的经皮肾镜手术、输尿管镜和输尿管软镜手术技术。
3、泌尿电视腹腔镜技术：目前该科全面开展并普及了腹腔镜手术技术，绝大多数手术都是在腔镜下完成的，其中包括难度较大的肾门部位肿瘤的肾部分切除术、大体积的肾肿瘤和肾上腺肿瘤、前列腺癌根治术和根治性膀胱切除手术。
4、输尿管软镜手术技术：中心是国内开展该项技术最早的单位之一，利用输尿管软镜不但用于治疗上尿路结石，也用于上尿路肿瘤的治疗。
5、双镜联合手术技术：该项技术是将腹腔镜与肾镜手术技术进行结合，对肾盂输尿管连接部狭窄合并肾结石一次手术完成。6、乳糜尿患者的肾蒂周围淋巴管剥脱结扎术。
8、巨大/复杂/疑难/转移性肾癌的个性化综合处理结合手术对的治疗，包括肾癌合并心房癌栓的手术治疗。
教学科研1、科技创新、医疗设备的研发，特别是进口设备国产化研发是学科的一大特色。1980年开始研制“膀胱液电碎石机”，1982年完成，获北京市科技三等奖。1982年开始研究制造我国第一台“体外震波碎石机”，1984年研制成功，并于1986年通过卫生部鉴定应用于临床，同年获卫生部科技成果甲级奖，北京市科技成果一等奖，1987年获得国家科学技术进步一等奖。1999年又成功研制出我国首台“高能聚焦超声肿瘤治疗机”，使我国热疗技术达到世界领先水平，该项研究于2002年获教育部提名国家科学技术奖。2006年该科开始探索研制完全国产化的“超声联合气压弹道碎石设备”，于2013年通过国家药监局鉴定；2008年再次与公司合作研制“超声手术刀”，于2016年通过国家药监局鉴定，这两台设备都已投入市场，均成为国内同类设备的第一品牌。
2、中华医学会“全国县级医院人才培养计划”泌尿系结石和泌尿腹腔镜手术培训基地于2015年和2017年相继落户该科室，作为该项目的发起单位之一，该科先后举办了十一期培训班。共培训基层医院的泌尿外科开云电子平台50余位。近年来共接受进修开云电子平台100余人。
