医院设有屈光专科、眼表及角膜病专科、青光眼专科、白内障与老视专科、眼底病专科、斜视与小儿眼科、泪道/眼鼻相关专科、眼睑眼眶病/眼整形美容专科、综合眼病科、视光专科、麻醉科、功能影像科等12个科室。干眼门诊、高度近视门诊、飞蚊症门诊、黄斑病门诊、糖尿病眼病门诊、疑难泪道病门诊、上睑下垂及修复门诊、近视防控门诊、难治性青光眼门诊等30个眼科专病门诊。医院还开设有名医特需门诊，由全国知名眼科专家定期坐诊，为疑难眼病患者提供诊治方案。