普通外科研究所设有肠瘘组、重症监护组、胃肠组、肝胆组、肠移植组、肿瘤组、胰腺组、血管组、营养组、甲乳组、腔镜组、护理组等专业组，还设有实验室、营养支持室和资料室。全所有医师44名，90％以上为研究生，其中硕士导师21名，博士导师7名。有院士1人，主任医师（技师、护师）、教授18人，副主任医师（技师、护师）、副教授12人。

普通外科研究所，是国家、江苏省重点学科（实验室），南京大学博士学位授权学科，南方医科大学博士研究生联合招生点，国家博后工作流动站。是国家卫生部临床药理基地（营养支持专业），胃肠外科重点实验室。在黎介寿院士的领导下，学科立足于医学发展前沿，融医疗、教学与科研为一体，逐渐形成为“具有一流的师资队伍、一流的教学条件、一流的教学质量和一流的教改成果的国内一流的医学创新人才培养工作的示范点”。获得的主要奖励有：全国科学大会奖1次，“何梁何利”科技进步奖1次，国家科技进步二等奖2项、三等奖1项，，教育部科技进步一等奖1项、二等奖3项，江苏省科学技术进步奖一等奖1项。现担任国家973计划课题1项，国家自然科学基金4项，江苏省社会发展课题1项，江苏自然科学基金7项。江苏省“135”工程和“十大高峰”人才资助项目7项。1985年参加大学本科生的授课与实习工作。1994年起提任南京大学医学院七年制学员的授课与实习工作。1985年起合招硕士研究生，1996年批准为南京大学医学院硕士研究生点。1997年参南京大学博士后流动站，接收博士后研究人员。1987年起合招博士研究生，1997年被批准为南京大学医学院博士研究生点。目前已培养博士后研究人员5名、博士34名、硕士47名。现在读博士、硕士研究生56名。2004年获南京大学教学成果特等奖，2005年获江苏省高等教育教学成果一等奖。