药学部成立于建院之初，是医院重要的医技科室。下设门诊中西药房、草药房、住院药房、急诊药房、静脉用药调配中心、药库和临床药学室等部门。经过几代人的努力，科室现已发展为集药品调剂供应保障、临床药学服务、药学科研教学、药事管理为一体的综合性科室。现有职工75人，其中高级职称1人，中级职称25人，博士4名，硕士10名。2015年成为全国首批妇产科临床药师培训基地及上海市医院协会临床药师规范化培训基地。目前已有7名临床药师通过国家卫健委临床药师或带教临床药师培训并获得合格证。依托上海市临床药学重点专科建设项目，药学部在学科带头人汤静主任的带领下始终坚持“关爱女性健康，促进合理用药”的理念，开展精准药学服务与专科药物咨询推动医院药学规范有序特色化发展，力争走在妇产科专科医院的药学前沿。

医院领导非常重视药学学科的建设与发展，近年来建立了规范化中药房，实行小包装配药；建设了现代化住院药房和静脉配置中心；开通微信公众号提供线上药物咨询服务，构建具有科学性、通俗性和便捷性的新媒体传播交流平台；开展全处方医嘱前置审方，基因检测和血药浓度监测工作，为妇产科患者提供个体化治疗及精准医疗。在药学部全体同事的共同努力下，科室连续两年荣获了“优秀服务示范窗口”、“上海市合理用药系列宣传教育活动先进集体”、“上海市临床药事管理三级专科组优秀单位”、“上海市青年文明号”等荣誉称号。

科室承担复旦大学医学院本科生、硕士研究生的教学工作。承担上海健康学院本专科学生实习、见习及毕业课题设计等工作。近年来已培养研究生2名，目前在读硕士研究生2名。2018年4月启动第一批优秀人才培训计划，选拔各调剂部门优秀药师，建立临床药师、审方临床药师、调剂药师的互通通道，壮大药学人才队伍。举办国家级继续教育培训班和红房子药师沙龙，扩大妇产科临床药学辐射力和影响力，促进妇产科药学发展，更好地保障妇产科患者的用药安全。

药学部近五年获得了包括国家自然科学基金1项、上海市科技支撑项目1项、以岭生物医药创新基金1项，上海市临床药学重点专科项目1项及其他多项科研基金资助，累计科研经费270余万元。牵头编写全国临床药学规范化培训大纲（妇产科药学专业方向）。在JViralHepat、CurrOpinInfectDis等国际期刊上发表SCI收录论文10余篇，发表中文核心期刊10余篇。相关科技成果荣获上海市优秀发明选拔赛优秀发明奖铜奖、上海市医学科技三等奖。多人入选上海市卫生计生系统优秀人才培养计划、医院拔萃人才腾飞计划、上海市卫健委“医苑新星”青年医学人才培养资助计划。荣获全国优秀青年药理学工作者奖、全国优秀临床药师、上海市卫生健康系统三八红旗手、上海市医学会优秀临床药师、复旦大学优秀十佳医技工作者等荣誉称号。